政策风险大、燃料价格高
政策不具体，致使落实不到位。目前，国家层面及地方政府均陆续出台了鼓励天然气分布式能源发展的支持政策，提出了发展目标及措施，但因没有具体的实施细则或相关利益关系没有捋顺，牵扯到如税收优惠政策、天然气价格折让、上网电价、电力直供等问题而无法落到实处。由于国家政策没有强制执行标准，分布式能源战略风险、市场风险很高。
由于分布式能源利用效率若高于70%，必须是冷热电就近消纳，尽量减少供能损失，因而项目与用能设施需同步建设，早在规划设计阶段就已经介入。然而，目前环境下，燃气发电价格处于高位，电不能直供，冷热市场又有一个培育期，因此项目投产开始几年运营风险高。如果没有国家政策支持，分布式能源项目单位将面临巨大的运营风险。同时，天然气分布式供能系统的运行成本，受燃料价格影响特别大，一个热力匹配完好的冷热电三联供系统的经济性也并不一定好。所以，稳定的价格机制也是影响分布式能源站发展的一个主要因素。
此外，分布式能源项目的发电输送电模式与现行的《电力法》有相违背之处。目前已投或在建项目，面临的最大阻碍仍是电力“并网”问题。目前已经建成运营的天然气分布式能源项目所发电量多是自发自用，不由电网公司统一调度，且电价一般是由项目公司与用户之间协商。
再者，天然气分布式能源系统所需要的技术含量非常广泛，最核心的是发电设备。分布式能源站目前的技术设备主要包括燃气轮机、余热锅炉、压缩式制冷、吸收式制冷、蓄冷蓄热设备以及控制系统和设备。所有这些硬件设备当中，目前国内在技术上还跟国外有较大差距，缺乏具有自主知识产权的先进技术。
市场环境待培育
融资渠道不畅，投资以国内资本为主。自1985 年以来，由于国家颁布了一系列鼓励分布式能源发展的政策，自上世纪90 年代初开始，有大量外资公司进入该领域进行投资。
但是到2002 年底，改革开放以后进入我国的第一批外资电力独立开发商已基本退出中国电力市场。撤出原因，一是电力改革过程中，分布式能源热电领域尚缺乏清晰的规则和稳定的长期购电合同，外方对中国热电市场及其未来电价、电力市场等问题存有顾虑;二是外资投资热电的有关法律法规已经不能完全适应我国加入WTO之后的市场需求。
环保收益未显性化，尚未从环保中受益。目前全社会已越来越多地认识到天然气分布式能源是节约能源、改善环境的有效措施，但直至目前社会未将节能环保收益定量化和显性化，天然气分布式能源发展尚未从环保方面受益，个别地方的环保部门还将热电厂作为一个重要的污染源来对待。
天然气分布式能源产品尚未进入真正的市场经济。天然气分布式能源所生产的产品——电、热和冷等能源，尽管已被广泛认知是商品，但未实行真正的市场定价，其出厂价格则由政府定价或政府指导定价，所以当上游原料、人工成本上涨时，下游电价、热和冷价不动，势必会带来较大的矛盾。
企业运营存制约
天然气分布式能源企业自身运营存在的制约因素主要体现在投资成本大、回收期限长、设备运行以及燃料成本过高等方面。
固定投资成本方面，我国目前还难以实现分布式能源成套设备自主生产，关键设备和控制系统尚需进口。尽管进口设备的价格在逐年下降,但仍维持在较高水平。较高的设备成本是阻碍分布式能源广泛推广的一个重要原因。同时，由于本地化的工程师与高级技工比较稀缺, 天然气分布式能源项目安装成本的变化范围也很大，特别是对一些不太成熟的技术，安装成本可占其设备成本的30%。
运行与维护成本方面。因为分布式能源是新技术,有管理和维护经验的当地工程师及高级技工较少，运行维护设备的人工成本不可小视，同时由于主机是进口设备,定期检查、替换、维修系统部件及易耗品价格也不菲。当然,运行与维护成本只占整个电力成本很低的比例，如微型燃气轮机一年通常只做1～2次保养，平均维护成本为0.5～1.6美分每千瓦时。根据调研，国内一个示范性项目每年的运行与维护成本达到2200万元。
